In der GSW haben sich sexuologisch Tätige aus Medizin, Psychologie, Soziologie, Pädagogik und anderen Wissenschaften zusammengeschlossen. Ihr Ziel ist die Pflege der Sexualwissenschaft in Forschung, Lehre und Praxis einschließlich der Sexualberatung sowie die Verbreitung sexualwissenschaftlicher Erkenntnisse.

Die Gesellschaft sieht sich in der Tradition und Pflicht der progressiven deutschen Sexualforschung aus den Jahrzehnten vor dem Zweiten Weltkrieg (wie sie sich beispielhaft im Werk von Bloch, Freud, Hirschfeld, Moll oder Reich darstellt) sowie der sexuologischen Aktivitäten aus der Zeit der DDR. Zu den besonderen Aufgaben der GSW gehört die Aufarbeitung der sexualwissenschaftlich relevanten DDR-Geschichte sowie die wissenschaftliche Untersuchung und Mitgestaltung der sexuellen Kulturen.

Angesichts der historischen Entwicklung sexuologischer Disziplinen in der (alten) Bundesrepublik Deutschland, die ihren Ausdruck im Nebeneinander verschiedener medizinisch, sozialwissenschaftlich oder pädagogisch orientierter Gesellschaften gefunden hat, sieht die GSW eine besondere Aufgabe in der Förderung interdisziplinärer und -institutioneller Kommunikation und Kooperation, sowie der Zusammenarbeit ost- und westdeutscher Institutionen im Rahmen eines zusammenwachsenden Europa.